本系研究所的研究重點為：

海域基礎生態系之研究，以探討海洋生物與非生物資源現況。

海洋生物多樣性與環境之相關研究。

海洋天然物積極開發利用之研究。　

海洋生物技術之研究及應用。

各種污染源對生態系影響之研究，評估污染對生物資源之衝擊。

本系碩士班成立於民國八十年。

成立宗旨在於培育海洋科技之專門人才，以提供國家未來學術、工業及政府機構中相關行業之需求。

112學年錄取名額為27名（含甄試16名），※以當年招生簡章為準。

本系博士班成立於民國八十五年。

成立宗旨在於承續碩士班的訓練，培養海洋科技之高級研究人才。

112學年錄取名額為3名，※以當年招生簡章為準。

研究發展之方向分為三組：

甲組：以海洋生技及生理為研究方向

研究領域包括：海洋微生物、海洋生物技術、海洋生物生理、海洋污染防治等。

考試科目：生物化學

乙組：以海洋資源主要研究方向

研究領域包括：海洋各種生物、生態、資源等之研究，例如生物統計學、生物海洋學、海洋生態學、水生生態毒物學、生物多樣性、海洋牧場及海水養殖、藻類生質能應用與地質 礦物資源等。

考試科目：普通生物學

丙組：以海洋化學資源為主要研究方向

研究領域包括：海洋天然物化學（天然藥物提煉及合成技術）、海洋環境化學、水產生物化學。 

考試科目：普通化學